一、旗舰店是要自己的品牌，一般都是厂家;
专卖店是只能卖一个品牌，可以是代理专营店就像卖场一样，什么牌子都行。
二、
旗舰店---品牌的持有者/持有公司自己开的商城店。
专卖店---品牌的一级授权商/代理商/分销商，只能经营一个品牌。
专营店---同时可以经营多个品牌，所经营品牌可以自有，也可以由品牌商授权或品牌授权商授权。
旗舰店、专卖店、专营店比较一下：
旗舰店是官方开的，最有保障。
专卖店跟实体的专卖店差不多，最放心。
专营店是专门经营某一种类的，比如服饰专营店，那么他可以经营多个品牌的服饰，但种类只能是服饰，这种店容易卖假货。